Los principales problemas asociados con la administración de la memoria son los relacionados con el manejo interno de ella dentro del programa (encadenamiento, relocalización, etc.) y con su asignación a diferentes programas.  

El problema de la asignación de la memoria es similar en el caso de sistemas grandes o pequeños. La forma típica de resolverlos en las microcomputadoras consiste en utilizar bancos de memoria y en asignarle a cada programa uno, haciendo además que cuando un programa se ejecute esté activado el banco correspondiente.  

Una dificultad adicional tiene que ver con la protección de las zonas de memoria de los usuarios, pues los microcomputadores usualmente no tienen mecanismos del hardware para ellos.  

En los últimos microcomputadores existe la tendencia a utilizar mecanismos de memoria virtual. Sin embargo, el tamaño del sistema operacional de algunos de estos sistemas hace discutible que se puedan clasificar como microcomputadores.