La conducta de reproducción comienza cuando el macho canta durante la noche como parte de su cortejo sexual. Son los coquíes machos (que son los únicos que pueden cantar) los que añaden ese toque especial a la noche puertorriqueña. Son esas voces nocturnas las que nos duermen con su melodía y las que mantienen intrigado al visitante extranjero. Cuando los machos cantan, con el CO establecen territorio y con el QUI invitan a las hembras a la actividad reproductiva.

Las hembras se orientan y acuden al llamado del macho. En nuestra área de trabajo en El Yunque las hembras miden de 40mm a 52mm mientras que los machos son mucho más pequeños (de 30mm a 40mm). Nuestros estudios han demostrado que las hembras viajan más libremente por el bosque, recorriendo grandes distancias. Los machos se mueven menos por el bosque y son más fieles a un territorio, regresando a él continuamente.

Una vez la hembra acude al llamado del macho y éstos se ponen en contacto físico, el macho comienza a dirigir a la hembra al lugar del nido. El macho comienza a dar una serie de saltos cortos, conduciéndola al lugar donde se llevará a cabo el encuentro sexual que es el mismo lugar donde se depositarán los huevos eventualmente. El abrazo sexual en sapos y ranas se conoce como AMPLEXO. Cuando la pareja está preparándose para el amplexo está en una etapa llamada PRE-AMPLEXO. Esta etapa puede durar entre 5 y 8 horas.

Después de unas 12 horas de pre-amplexo y amplexo la hembra comienza a poner sus huevos en una etapa conocida como OVIPOSICION. Esta etapa puede durar de dos a cuatro horas.

En el amplexo de los anfibios, es el macho quien generalmente "agarra" a la hembra. En el amplexo del Coquí Común de Puerto Rico el macho se posa sobre la hembra pero es la hembra quien agarra al macho y lo hace con las patas traseras en lo que se ha llamado EL AGARRE DE PATAS TRASERAS. Este agarre asegura el contacto entre las cloacas, lo que asegurará la fecudanción. La fecundación en anfibios simpre se ha dicho que es externa, y así aparece en los libros de texto, sin embargo, en el Coqui Común de Puerto Rico se ha descubierto que es interna.

Una vez la hembra ha depositado sus huevos, que ya deben de estar fecundados, el macho procede entonces a despegarse de la hembra y a moverse hacia atrás poco a poco hasta quedar encima de los huevos para protegerlos. Nuestro grupo de trabajo aún no ha podido observar bajo que condiciones la hembra abandona el nido. No sabemos aún si es la hembra la que abandona el nido por si sola o si es el macho quien la expulsa.

Una vez la hembra abandona el nido,el macho es quien cuida la camada hasta que esta eclosiona. Las camadas, generalmente tardan de 17 a 27 días en desarrollarse y eclosionar. Durante este período de tiempo el macho permanece sobre los huevos cuidándolos y protegiéndolos. El macho cubre casi completamente la camada para evitar que los huevos se deshidraten. Durante este tiempo el padre coquí limitará considerablemente sus actividades de alimentación, y de cortejo. Este cuido paternal es una actividad muy costosa en cuanto a tiempo y energía.